この島は元来、聖地とされ限られた神官と島奉行といわれる島を管理する役人しか入島を許されなかった。それほど神聖な場所であったのです。
そのなかでもこの「元宮」(もとみや)は島のほぼ中央に位置し、この場所で太古の祭祀が行われていたとされます。その証拠に古代祭祀に使われていたとされる『勾玉』『土器』『獣骨』『貝殻』などが多数出土されています。
参道はなぜか亜熱帯の植物がうっそうと茂り、昼間でも暗いほどです。これだけ本土に近い島で南九州本土でもほとんど見る事の出来ない自然発生した特異な植物が群生するのは大変珍しいとのことです。自生植物は197種でうち熱帯及び亜熱帯植物は27種類ある。
昭和27年に特別天然記念物の指定がされています。
御由緒にもありますが、この神門をこえるとまるで南の島の密林にいる心地がします。
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